חדרי מזון נקיים משמשים בעיקר לייצור ואחסון של משקאות, חלב, גבינות, פטריות ומוצרי מזון אחרים.מתקנים אלה כוללים בדרך כלל חדרי הלבשה ייעודיים, מקלחות אוויר, מנעולי אוויר ואזורי ייצור נקיים.מזון רגיש במיוחד לקלקול עקב נוכחותם של חלקיקים מיקרוביאליים באוויר.לכן, החדר הנקי הסטרילי ממלא תפקיד חיוני בשימור מזון על ידי חיסול יעיל של מיקרואורגניזמים ושמירה על החומרים המזינים והטעם של המזון באמצעות אחסון בטמפרטורה נמוכה ועיקור בטמפרטורה גבוהה.
