חדרים נקיים בבתי חולים נמצאים בשימוש נפוץ בחדרי ניתוח מודולריים, טיפול נמרץ, חדרי בידוד ומתקנים רפואיים אחרים.חדרים נקיים רפואיים הם ענף מקצועי וחשוב, במיוחד חדרי ניתוח מודולריים שיש להם דרישות מחמירות לניקיון האוויר.חדר הניתוח המודולרי הוא חלק חשוב מבית החולים ומורכב מחדר הניתוח הראשי ואזורי העזר.רמת הניקיון האופטימלית סביב שולחן הניתוחים היא Class 100. לרוב מומלץ להתקין תקרת זרימה למינרית מסוננת HEPA של לפחות 3*3 מ' מעל שולחן הניתוחים כדי לספק כיסוי לשולחן הניתוחים ולצוות הרפואי.יצירת סביבה סטרילית יכולה להפחית את שיעורי ההידבקות בחולים ביותר מפי 10, ובכך להפחית את ההסתמכות על אנטיביוטיקה ולמזער את הנזק הפוטנציאלי למערכת החיסון האנושית.
